El Dr. Leonel Fernández ha sido investido con el título de Doctor Honoris Causa por reconocidas universidades de Europa, Estados Unidos y América Latina, debido a sus aportes a la democracia, al respeto de los derechos humanos, al diálogo entre los pueblos, a la paz y la justicia social. Entre las universidades que destacan, están la Universidad de la Sorbona, La Universidad París 8, la Universidad Nacional General San Martín, la Universidad Nacional Pedro Henríquez Ureña y la Universidad de Seton Hall, New Jersey.
La Universidad de Jordania lo distinguió dándole su nombre a su Centro de Estudios Latinoamericanos. La Universidad de Alcalá le entregó su Medalla de Oro.
Ha sido distinguido con la Legión de Honor, de Francia; la Orden del Águila Azteca, de México; y la Orden José Martí, de Cuba.
Es miembro de varias instituciones internacionales, como Círculo de Montevideo, Consejo de Jefes de Gobierno Libremente Elegidos, Diálogo Interamericano y Club de Madrid.